蜂蜜变质有明显的酸味，这些酸味主要来自于蜂蜜中酵母菌(主要是耐糖酵母菌)，酵母菌可将蜂蜜中糖分分解成乙醇(酒精)，而乙醇在一定条件下能再氧化成乙酸(醋酸)，因此蜂蜜有明显的酸味时说明蜂蜜已经变质了且酸味越浓郁则变质程度越严重。
蜂蜜变质还会出现大量气泡，这些气泡是酵母菌分解蜂蜜中糖分时所产生的二氧化碳，若蜂蜜是用密封的塑料瓶存放时甚至可能出现胀瓶的现象。
蜂蜜有酒精味也是蜂蜜已变质的重要特征，有酒精味则说明蜂蜜中的酵母菌已经开始大量繁殖了，原因是酵母菌能将蜂蜜中的糖分分解成乙醇且酒精味越浓表明蜂蜜变质程度越严重，若酒精味不浓时可将蜂蜜隔水加热到60℃左右杀死酵母菌以延长蜂蜜的保质期。