叶片的区别：艾蒿叶片较薄，外表为鲜绿色上面有密集凹点以及白色小点，在生长前期叶片上长有短绒毛，在生长后期绒毛会逐渐脱落，艾草叶片较厚并且叶片两边都长有绒毛，后期不会脱落。
花的区别：艾蒿开花时花朵为椭圆形状，颜色艳丽为橙黄色，若是雌性艾蒿的花冠为狭管状态，但若是两性的野艾蒿花冠的形状则是管状，艾草开花时颜色为黄色，花冠的形状为高脚杯的形状，所以可以从花的形状以及颜色进行区分。
生长环境的区别：艾蒿是野生生长的，生命力也是比较的顽强，而它的茎干要比艾草的略粗一些，艾草则是人工进行养殖的，所以生命力比较的脆弱，并且野艾蒿的功效也比艾草的要好一些，所以市场上艾蒿的价格也会略贵一些。
口感区别：区分艾蒿与艾草还可以用口感进行区分，艾蒿食用时的口感要比较苦涩一些，味道也比较的浓重，但是艾草相比之下苦涩感会比较轻一些，而且味道也是比较的清淡，两种若是点燃都可以驱除蚊虫。