总体南大肯定强势，但具体专业还是要具体分析。
南京大学
一级学科国家重点学科（8个）：中国语言文学、数学、物理学、天文学、化学、计算机科学与技术、地质学、生物学文学
二级学科国家重点学科（13个）：马克思主义哲学、世界史、政治经济学、企业管理、英语语言文学、社会学、情报学、微电子学与固体电子学、材料物理与化学、环境科学、气象学、自然地理学、外科学（普外）
国家重点（培育）学科（6个）：世界经济、经济法学、中国近现代史、大气物理学与大气环境、水文学及水资源、环境工程
历史：学科分为两个本科专业方向——历史和考古学，南京大学历史学学科在同学科门类中占有极高的地位，其独特的发掘理论，独特的整理方法，独特的逻辑思维，都使人们望而却步。现在则通过不同的方式组织学生参加田野实习，而不再是单纯地培养博物馆专业人才。
数学：以历史悠久、实力雄厚、治学严谨而著称，自建系以来，其学术影响一直处于国内领先地位，并具有一定的国际声誉。现为国家一级重点学科(基础数学)、国家理科人才培养基地。设有数学与应用数学(教育部第一类特色专业建设点)、信息与计算科学、统计学3个本科专业。该系采用“基地班”等分流培养模式，对学生实施因材施教。从用人单位的需求着手，探索出了一条名校与名企携手，“送出去、请进来”的改革之路，如与华为 3COM 公司合作，成立了南京大学数学系——华为3COM网络学院，对学生进行华为 3COM 的认证培训;与人民银行、移动通信、平安保险等公司的合作，都非常成功。
物理：是南京大学优势专业之一，其主要教学特色在于：1. 实行课堂教学、学术活动、科学研究为一体的“三元结构”教学模式，对学生进行全面素质的培养。组织学生早期参加学术活动和科学研究，低年级时做课程论文和设计实验，开放实验室，优秀的三年级学生就可进入科研实验室参加研究工作。2. 强化素质教育，学校规定每个学生都必须完成14个学分的文化素质教育课程，其中包括4个学分的艺术课程、8个学分的人文社会科学类文化素质课程、2 个学分的自选文化素质课程。
生物科学：该专业依托南京大学生命科学学院及化学化工学院的教学师资及科研力量。主要面向食品保健行业、食品研发机构和相关生产企业、学校、宾馆等公共服务机构输送营养学基础研究与应用高级人才，满足社会需求。
经济学、新闻学、地质学、软件工程、水文与水资源工程、哲学、汉语言文学、数学与应用数学、英语、大气科学等专业实力强劲。
东南大学
一级学科重点学科: 电子科学与技术 信息与通信工程 建筑学 交通运输工程 生物医学工程
二级学科重点学科: 艺术学 热能工程 控制理论与控制工程 计算机应用技术 结构工程
国家重点(培育)学科 机械制造及其自动化 国家重点学科培育点 机械制造及其自动化 精密仪器及机械 热能工程物理电子学 防灾减灾工程及防护工程道路与铁道工程
建筑学：是东南大学的传统强势学科，建立于1927年，是我国成立的第一个建筑系，实力雄厚，全国建筑院系通用的教材有近1/3由东大编写，全国建筑方面的国家级重点学科东南大学就占了1/3，特别是中国古建筑历史方面，东南大学的地位更是其他院校无可比拟的，在国内一直处于领先地位。教学上实行教授负责制和导师负责制，使学生在大一的时候就有机会与博导、院士等进行学习，形成了鲜明的特色。
信息工程：是东南大学的一大骄傲，2006年1月，东南大学研制出中国第一块符合3G移动通信技术规范的芯片，这宣告着我国跻身于世界移动通信强国的行列，现在国家新一代移动通信技术(4G)开发项目的总体负责人就是东南大学无线电工程系的尤肖虎教授。在未来五年，东南大学将建成移动通信国家实验室。这里将成为我国移动通信方面与世界其他通信强国抗衡的最为重要的阵地。
土木工程：近几年迅速发展壮大，并开始向交通运输工程、材料科学与工程、环境科学与工程、工程力学等领域拓展，蜚声中外。学院教学与科研并重，设有为教学、科研服务的大型结构试验室、预应力实验室、力学实验室、水力学实验室、结构力学实验室、环境工程实验室、计算机及CAD中心室和力学实验中心。拥有国内历史悠久、专业藏书丰富的土木工程图书馆和资料室。
生物医学工程：是东南大学依托传统优势学科去发展交叉学科与边缘学科的一次成功的创新，他们的数学和数学系的知识深度和难度不相上下，电子方面的课程也可与电子系的一较高低，除此之外还要在医学院学习一年的医学知识，真可谓是样样精通了，经过这些年的努力，东南大学生物医学工程学科已经处于国内同学科的领先地位。
电子科学与技术：专业以宽口径培养电类人才为主要特色，实行学生在低年级时先不分专业，高年级后，可根据自己的兴趣、爱好及对各个学科的了解选择校内电类的任何专业，因材施教。
软件工程、交通工程、自动化、机械设计制造及自动化、电气工程及其自动化、计算机科学与技术、生物医学工程等专业实力强劲。