菲律宾大学的研究工作几乎涉及人类思想及其活动的所有领域。每个学院都积极开展科学研究，既有研究机构承担的项目，又有师生共同参加的研究课题。其中值得特别介绍的研究机构如下：
经济研究中心
隶属经济学院，除开展经济学传统研究项目外，还特别注重研究诸如就业、收入分配、健康与营养、教育、人口等重大社会问题。为推动研究工作，该中心每周举办一次讨论会，由教师、研究生和特约人员讨论研究成果或正在进行的课题。
全国水力资源研究中心
根据政府水力资源局倡议成立于1973年，主要开展两方面的工作；根据物理和数学模型研究结果为规划和设计部门提供建议和咨询；加强基础研究并扩大自身的科学评估能力。该中心的室内模型实验大楼占地3500平方米，大型模拟室实验常在野外进行。除了主要的科研工作外，该中心还为工程学院的7a686964616fe59b9ee7ad9431333361303066本科生和研究生开设水力资源课程，为政府机构提供培训，并承担联合国教科文组织实施的地区性培训。
工业研究中心
根据校董事会1954年10月的决议而创办，最初由工程学院管辖，1978年成为全国工程学中心成员。该中心主要职能是：为工业界解决技术难题；为工业部门提供特殊研究和技术开发；开发在国内外市场上有竞争力的产品和生产工艺；提供各类技术服务（如对材料、设备和生产系统的性能和安全标准的测试）。
自然科学研究所
成立于1983年，是全国生物学、化学、数学、气象学与海洋学等领域的研究中心，后来又将研究范围扩大至分子生物学与生物工艺学、环境科学、应用数学和材料科学。1990-1991学年正在开展的研究项目达49个，此外还开展推广教育、咨询、培训等工作。
大学妇女研究中心
通过跨学科的调查研究，唤醒全社会重视和关心妇女问题（如性别歧视），寻求男女机会平等、教育平等、晋升平等的途径。
其它
菲律宾大学作为菲律宾国著名大学之一，除开展教学和科研工作外，还为国家和社会提供各类服务，如政策论证与研讨，人类智力开发、咨询服务等。该校学者和研究人员曾于1988年参与了一项“国家现状”的科研项目，旨在对国家政治、经济、社会、文化诸方面的状况进行实事求是和权威性的评价，使国民了解和认识现状，为国家1987年新宪法提出的目标而奋斗。