华盛顿大学在1853年由圣路易斯的领导者Wayman Crow和诺贝尔文学奖得主T.S.艾略特的祖父William Greenleaf Eliot在圣路易斯城区共同建立。为一个私人且无宗教联系的学院。
在成立时，华盛顿大学圣路易斯分校原名是「Eliot Seminary」（艾略特学院）。但当时担任牧师的Eliot深怕用自己的名字会影响到学校的非宗教性，于是在1854年校董事会为了纪念国父华盛顿，而将校名改为「Washington Institute」（华盛顿学院）。
学校在1857年校名改为「Washington University」（华盛顿大学），早于另外一所公立的华盛顿大学，西雅图华盛顿大学「University of Washington」建校为1861年（两所大学中文译名相同）。大学于1859年用华盛顿大学的名义授予它的第一个四年制文学学士学位，并于1905年搬至现今距圣路易斯市6英里远的校区。为了避免大众对全美20馀所大学通用的华盛顿校名的困惑，在1976年再次更改名字加入「in St. Louis」（在圣路易斯），至此成为沿用至今的完整校名Washington University in St. Louis华盛顿大学以区分其与其他学校。华盛顿大学的官方信头名为华盛顿大学Washington University，学校法人名为也保留为华盛顿大学The Washington University，常用昵称有Wash. U.和WU，两个名字都由学校名称的开头字母演化而来。现有教师3140名，学生12394名，包括6124名本科生和6270名研究生。