食品微生物学涉及病毒、细菌、真菌多种微生物，除研究这些微生物的一般生物学特性外，还探讨它们与食品有关的特性。如对发面用的面包酵母，需要研究它在面团中的发酵作用和它的干燥保藏；对酸菜、泡菜和青贮饲料中的乳酸细菌，需要研究它们在青贮期间的动态以及对它们有益或有害的生物、化学和物理的因子；对用发酵法生产氨基酸的细菌，需要干扰其正常代谢，使其异常地产生所需氨基酸并分泌到细胞以外；在利用微生物产生的某种酶制造食品的情况下，需要研究怎样使它多产生所需的酶；在以微生物本身为食品的情况下，需要研究怎样取得和怎样防止阻碍取得更高生物量的因素。为了防止微生物引起食品变质、腐坏，则要着重研究有关微生物的生态学。根据微生物生态学特性及食品本身的性状采取盐腌、醋渍、糖渍、干燥、低温或高温处理、罐藏、熏制等加工手段，杀死或抑制污染在食品上的微生物。食品引起的传染病是病菌随食品进入体内并在体内增殖的结果。食品中毒是产毒微生物在食品上产生毒素，人吃下污染食品后，便会出现中毒症状。为防止微生物通过食品为害人类，必须实施和加强食品卫生微生物检验法。
微生物学专业的培养目标：
1、坚持四项基本原则，拥护党的路线方针政策。关心国家大事，政治上积极要求进步，认真学习马列主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”的重要思想，有较高的政治理论水平和思辨能力。具有良好的道德品质，为人正派，与同学诚挚相处，尊师守纪。
2、具有较扎实的专业基本功，掌握微生物学领域必须的基础理论、系统的专业知识和熟练的实验操作技能，了解本学科的前沿和动态，对相近学科有所了解；
3、掌握一门外国语, 能熟练阅读和准确理解与专业相关的外文资料，并具有一定的外语听、说和书面表达能力；具有独立从事相关专业的科学研究、教学工作或担任相关专业技术工作能力；具有团结合作和勇于创新精神。
推荐院校：中国科学院微生物研究所、中国科学院武汉病毒研究所、山东大学、武汉大学、华中农业大学、广西大学、东北师范大学、复旦大学、、云南大学
微生物专业的毕业生，可对口的工作类型有：酿造、发酵、制药、质检、作物改良、食品生产、生物技术公司、科研单位等，应该说就业前景还是很不错的。